Á árinu 2006 varð 42 milljóna króna tekjuafgangur af rekstri Orkustofnunar. Þetta kom fram á aðalfundi Orkustofnunar sem haldin var á föstudaginn. Samkvæmt efnahagsreikningi námu eignir hennar 341 milljónum króna, skuldir 139 milljónum króna og eigið fé nam 201 milljónum króna.
Orkustofnun hefur um langt skeið byggt rekstur sinn á verkefnagrunni þannig að kostnaður vegna vinnu starfsmanna heimfærist beint á þau verkefni sem unnin eru hverju sinni. Það liggur því ávallt fyrir á hverjum tíma hver heildarkostnaður hvers verkefnis hefur verið.
Grunnfjárveiting til Orkustofnunar 2006 nam 420 milljónum króna, samanborið við 362 milljónir króna. árið 2005. Hækkunin milli ára skýrist af innleiðingu vatnatilskipunar Evrópusambandsins og framlagi til upplýsingatækniverkefnis, auk þess sem hluti af upphæðinni eða 30 milljónum króna kom sem aukafjárveiting í lok ársins vegna Rammaáætlunar um nýtingu vatnsafls og jarðvarma.
Þess má geta að Orkustofnun setti 28 milljónir króna í olíuleit á síðasta ári.
