Hagnaður Byggðastofnunar á fyrri hluta árs 2013 nam 184,2 milljónum króna, samanborið við 206,4 milljóna króna tap á sama tímabili 2012. Skýrist þetta fyrst og fremst með því að 5. júní 2013 staðfesti Hæstiréttur Íslands úrskurð Héraðsdóms Reykjavíkur í máli Byggðastofnunar gegn Sparisjóði Reykjavíkur og nágrennis hf., þar sem krafa Byggðastofnunar að fjárhæð 271,3 milljónir króna var viðurkennd sem forgangskrafa. Höfðu 238 milljónir króna af þeirri kröfu áður verið afskrifaðar.
Eiginfjárhlutfall Byggðastofnunar var í lok tímabilsins 14,92% en samkvæmt lögum um fjármálafyrirtæki skal það að lágmarki vera 8%. Hreinar vaxtatekjur voru 221,3 milljónir króna eða 42% af vaxtatekjum, samanborið við 317,4 milljónir króna á sama tímabili í fyrra.
Þá nam eigið fé Byggðastofnunar í lok tímabilsins 2.298 milljónum króna.
