Heildarafli skipa Samherja hf. á árinu 2004 nam um 103 þúsund tonnum. Uppsjávarafli (síld, loðna og kolmunni) nam samtals um 74 þúsund tonnum og botnfiskafli á heimamiðum var samanlagður um 23.200 tonn á árinu. Heildarverðmæti landaðs afla á árinu 2004 nemur ríflega 5 milljörðum.
Þorskafli á heimamiðum nam alls um 11.500 tonnum Af þessum þorskafla var ríflega 8.000 tonnum landað ferskum til vinnslu í starfsstöðvum félagsins á Dalvík og Stöðvarfirði. Síldarafli á heimamiðum nam samtals um 16 þúsund tonnum og var 98% aflans unninn um borð í Vilhelm Þorsteinssyni EA og Baldvin Þorsteinssyni EA. Loðnuafli var samtals um 31 þúsund tonn, en sjófryst voru rúm 10 þúsund tonn á loðnuvertíðinni síðastliðinn vetur.
Skip félagsins veiddu samtals rúm 5 þúsund tonn af úthafskarfa. Þá voru veidd tæp 20 þúsund tonn af norsk-íslenskri síld, 7 þúsund tonn af kolmunna og 1.500 tonn af þorski í Barentshafi.
