Skuldir sjávarútvegsfyrirtækja hafa aukist síðustu ár að mestu í takti við aðrar atvinnugreinar (að fjármálastarfsemi undanskilinni). Stærsti hluti skulda er tilkominn vegna fjárfestinga fyrirtækja í aflaheimildum; við bein kaup þeirra eða vegna samruna fyrirtækja. Veiking krónunnar hefur einnig haft mikil áhrif. Þetta er meðal þess sem fram kemur í nýrri skýrslu Íslandsbanka um sjávarútveg á Íslandi.
Í henni segir að boðuð fyrningarleið í sjávarútvegi muni hafa þungbær áhrif á greinina. Hún hefði neikvæð áhrif á verðmæti aflaheimilda og þar af leiðandi á efnahag fyrirtækjanna. Fyrning hefði jafnframt áhrif á rekstur þeirra þar sem gert sé ráð fyrir að fyrirtækin leigi aflaheimildir aftur gegn gjaldi. Ljóst sé að lán til sjávarútvegs vega þungt í efnahagsreikningum hinna endurreistu banka.
Tekið er fram að lágt gengi krónu og fremur hátt afurðaverð hafi reynst jákvæðir drifkraftar í rekstri sjávarútvegsfyrirtækja á nýliðnum misserum og að árin 2008 og 2009 voru með þeim allra bestu hvað varðar EBITDA-framlegð sem hafi verið um eða yfir 25%. Á sama tíma hefur þorskafli, mikilvægasti fiskstofninn, dregist verulega saman, úr 430 þús. tonnum árið 1980 í 151 þús. tonn árið 2008. Sérfræðingar Íslandsbanka telja því ljóst að hagræðing í greininni hefur verið mikil á tímabilinu.
