Héraðsdómur Reykjavíkur hefur sýknað íslenska ríkið af kröfu Stoða um endurgreiðslu á rúmlega 455 milljóna króna skattkröfu og að hún falli undir nauðasamninga félagsins.
Í mars árið 2008 hóf skattstjórinn í Reykjavík skoðun á bókhaldi og skattskilum Stoða, sem þá hét FL Group. Skoðunin ledditil þess að skattskilum vegna rekstraráranna 2005, 2006 og 2007 var í október sama ár vísað til skattrannsóknarstjóra ríkisins til rannsóknar. Um mánuði síðar hóf skattrannsóknarstjóri svo rannsókn á skattskilum félagsins. Skattar voru endurákvarðaðir á Stoði en málið var látið niður falla fyrir síðustu áramót.
