Ríkisendurskoðun telur mikilvægt að gripið verði til aðgerða til að koma í veg fyrir að erfið rekstrarstaða nokkurra stofnana verði enn erfiðari. Þar á meðal eru rannsóknarnefndir Alþingis, Sinfóníuhljómsveit Íslands, aðalskrifstofu utanríkisráðuneytisins, Umboðsmann skuldara, hjúkrunarheimilð Sólvang, Heilbrigðisstofnun Suðurlands og Heilbrigðisstofnun Suðurnesja.
Fram kemur á vef Ríkisendurskoðunar að stofnunin hafi áhyggur af stöðu stofnana sem eigi erfitt með að láta enda ná saman í rekstri. Afstöðu verði að taka til þess hvernig eigi að fara með slíkan uppsafnaðan halla hjá Landbúnaðarháskóla Íslands, Lögreglustjóranum á Suðurnesjum, Landspítalanum, Heilsugæslunni á höfuðborgarsvæðinu, Heilbrigðisstofnun Austurlands og á lið vegna Flugvalla og flugleiðsöguþjónustu.
Ríkisendurskoðun hvetur jafnframt stjórnvöld til að bregðast við miklum afskriftum lána hjá Lánasjóði íslenskra námsmanna (LÍN) og Íbúðalánasjóði. Að mati stofnunarinnar virðist ljóst að leggja þarf þessum sjóðum til aukið stofnfé. Þá telur Ríkisendurskoðun að bæta þurfi áætlanagerð vegna nokkurra fjárlagaliða þar sem árleg fjárveiting byggist á væntingum um fjölda þeirra sem rétt eiga á greiðslum úr ríkissjóði. Um er að ræða liði vegna málskostnaðar í opinberum málum, opinberrar réttaraðstoðar, bóta til brotaþola og lífeyrisskuldbindinga.
Loks þarf að mati Ríkisendurskoðunar að huga að fjárveitingum til nokkurra liða þar sem rekstrarafgangur hefur safnast upp. Þetta eru embætti Sérstaks saksóknara, safnliður vegna heilbrigðisstofnana, Fjármálaeftirlitið, Mannvirkjastofnun og Ofanflóðasjóður.
