Í skýrslu Ríkisendurskoðunar um skólastarfsemi Keilis á Keflavíkurflugvelli kemur fram að í árslok 2009 hafi uppsafnaður halli af rekstri Keilis numið 136 milljónum króna og skuldir 463 milljónum. Að mati Ríkisendurskoðunar er óvíst hvort fjárhagslegur grundvöllur sé fyrir rekstri skólans. Bent er á að ríkisvaldinu sé ekki að lögum skylt að styðja einkaskóla á borð við Keili. Þeim beri sjálfum að tryggja eigið rekstraröryggi.

Er m.a. vísað til þess að á árunum 2007–10 fékk Keilir ehf. samtals 685,7 m.kr. úr ríkissjóði. Í skýrslunni kemur fram að um helmingur fjárins átti að renna til svokallaðrar frumgreinakennslu sem hefur að markmiði að búa nemendur undir háskólanám. Sérstakir samningar voru gerðir um þau framlög milli menntamálaráðueytisins (nú mennta- og menningarmálaráðuneyti), Háskóla Íslands og Keilis.

Í skýrslunni er gagnrýnt að Keilir hafi nýtt hluta þeirra til annarrar starfsemi en frumgreinakennslu. Ríkisendurskoðun telur brýnt að fjárveitingar ríkisins til skólans renni til þeirra verkefna sem um hefur verið samið.

„Ríkisendurskoðun telur að við núverandi aðstæður í ríkisfjármálunum þurfi stjórnvöld að setja skýra stefnu um fjárveitingar til skólastarfs. Eðlilegt sé að þær taki mið af faglegri greiningu á þörf samfélagsins fyrir mismunandi menntun. Ekki verði fallist á að ríkisstyrktir einkaskólar geti vaxið óhindrað og án samráðs við menntayfirvöld. Þá telur Ríkisendurskoðun að kanna þurfi hvort réttara sé að efla nýja skóla eða stuðla að sameiningu þeirra og eldri skóla. Enn fremur þurfi mennta- og menningarmálaráðuneytið að efla bæði fjárhagslegt og faglegt eftirlit með einkaskólum sem það hefur samið við.

Háskóli Íslands ber faglega ábyrgð á háskólanámi Keilis ehf. samkvæmt sérstökum samningi milli skólanna. Í nýjum verklagsreglum Háskóla Íslands kemur fram að honum er ekki heimilt að axla slíka faglega ábyrgð á námi innan annarra skóla nema þeir hafi hlotið viðurkenningu sem háskólar. Þetta skapar nokkra óvissu um háskólanám Keilis þar sem hann er ekki viðurkenndur háskóli,” segir í skýrslu Ríkisendurskoðunar.