Í skýrslu sem VGK Hönnun gerði fyrir vegagerðina og Reykjavíkurborg um lagningu Sundaganga kemur fram að áætlaður kostnaður með vegtengingum upp á Geldinganes yrði 24 milljarðar króna. Um yrði að ræða tvenn tvíbreið göng með 15 metra millibili sem, hver um sig yrðu 3.785 metrar að lengd. Þá yrðu gerð fern göng fyrir aðreinar og fráreinar. Þar yrði tvenn 910 til 980 metra göng að Sæbraut og tvenn 305 til 480 metra göng að Klettagörðum.
Jarðgangagerði sjálf er talin muni kosta 19,6 milljarða króna samkvæmt verðlagi í október 2007. Í skýrslunni kemur framað lausleg óvissugreining gefi 90% líkur á að kostnaðurinn við gangagerðina sjálfa verði á bilinu 17 til 22 milljarðar króna. Sá kostnaðaráætlun nær aðeins til jarðganga og forskála en ekki til tenginga, landakaupa og annars kostnaðar í tengslum við gangagerðina. Í skýrslu frá því í nóvember 2006 var sá viðbótarkostnaður áætlaður 4 milljarðar króna, eða 4,3 milljarðar á verðlagi í október 2007.
Ef umferðar- og öryggisbúnaður í Sundagöngum væri í samræmi við búnað í Södra Länken göngunum í Stokkhólmi, og nú er fyrirhugað fyrir Nörra Länken göngin þar, yrði kostnaður ganganna, án allra vegtenginga, um 22,5 - 23 milljarðar. Í báðum tilfellum er umferð mun meiri en áætlað er í Sundagöngum. Í þessum tölum er ekki áætlaður kostnaður fyrir stjórnstöð, né viðhalds- og rekstrarkostnaður.
Áætlað magn styrkinga í göngunum eru byggðar á niðurstöðum jarðfræðirannsókna sem gerðar voru sumarið 2007. Er þá miðað við reynslutölur af annarri jarðgangagerð hérlendis. Fyrir mat á umferðar og öryggisbúnaði í göngunum og til að fá sem nákvæmast kostnaðarmat var leitað aðstoðar bæði í Svíþjóð og í Noregi. Áhætta vegfarenda er innan þolanlegra marka samkvæmt ALARP- viðmiðunarmörk (As Low As Reasonably Practicable). Er það samkvæmt áhættumatslíkani OECD og Alþjóða vegasambandsins (PIARC).