Við skráningu Baugs á markað í maí 1999 kom fram nokkur gagnrýni á tengsl Baugs við Gaum, einkafélags í eigendur stjórnenda félagsins. Í ákæru ríkislögreglustjóra á hendur stjórnendum Baugs eru þessi tengsl í brennidepli.
Í forsíðugrein í Viðskiptablaðinu 28. apríl 1999 er fjallað um þessi tengsl undir fyrirsögninni "Gaumur og gleði". Þar sagði: "Útboð og skráning hlutabréfa í Baugi hf. hafa óneitanlega dregið athyglina að stærsta eiganda félagsins, Eignarhaldsfélaginu Gaumi ehf. sem á 18,78% í Baugi. Gaumur ehf. er eignarhaldsfélag, að mestu í eigu stofnenda Bónuss, þeirra Jóhannesar Jónssonar og Jóns Ásgeirs Jóhannessonar, forstjóra Baugs. Eignarhaldsfélagið Gaumur á jafnframt eignarhluta í ýmsum öðrum félögum sem eru í viðskiptum eða viðskiptatengslum við Baug, svo sem Ferskar kjötvörur ehf., Pönnu Pizzur hf. (Pizza Hut) og Lyfjabúðir hf. Þá eiga þeir feðgar, Jóhannes og Jón Ásgeir, að auki sjálfir samanlagt 5,6% hlut í Baugi og kemur það fram hér sem einn hlutur. ... Það fer ekki hjá því að menn stoppi við þessi félög sem eiga mikil viðskipti við Baug, enda almennt talið óheillavænlegt að stærsti hluthafinn eigi svo mikil viðskipti."
Áður hafði Margeir Pétursson fjárfestir og stjórnarformaður MP Fjárfestingabanka bent á vandkvæði þessara tengsla í grein sem hann skrifaði í Morgunblaðið 22. apríl 1999: "Gaumur hf. virðist stefnumótandi hluthafi og er í eigu forstjóra Baugs, Jóns Ásgeirs Jóhannessonar og föður hans, Jóhannesar Jónssonar, frumkvöðulsins í Bónus. Gaumur er sjálfur í viðskiptum við Baug. Forstjórinn situr þar báðum megin við borðið og á meiri hagsmuna að gæta af því að Gaumur græði en almenningshlutafélagið Baugur. Svona lagað á ekki við í því nýja viðskiptaumhverfi sem þeir feðgar hafa einmitt tekið mikinn þátt í að skapa og er þeim ekki sæmandi. Af hverju er verið að bjóða heim tortryggni?"
Jón Ásgeir svaraði þessu í samtali við Morgunblaðið 24. apríl og sagði þar að greinarhöfundur [Margeir Pétursson] væri greinilega illa upplýstur. "Það gefur augaleið að það skiptir meira máli fyrir okkur að almenningshlutafélagið Baugur, sem Gaumur á stóran hlut í, hagnist frekar en Ferskar kjötvörur. Það á við um öll fyrirtæki sem Gaumur á í að ekkert þeirra fær að njóta þess að Gaumur eigi í einhverju öðru. Hvert fyrirtæki verður að reka sig á sínum eigin forsendum, hvort sem það er apótek, veitingastaður, kjötvinnsla eða Baugur sjálfur," segir Jón Ásgeir í viðtali við Morgunblaðið.
Þess má geta að skömmu síðar rauf Gaumur á tengsl við þau félög sem hér um ræðir.
