Í nýrri skýrslu Ríkisendurskoðunar er fjallað um aðkomu Samgöngustofu og Isavia að málefnum Wow air. Strax í árslok 2017 fór að bera á auknum vanskilum Wow air við Isavia og jukust þau hratt á fyrri hluta ársins 2018. Þess má geta að strax í janúar 2018 birti Viðskiptablaðið frétt þar sem greint var frá því að Títan, fjárfestingafélag Skúla Mogensen, hefði breytt milljarða láni til Wow air í hlutafé. Þótti þetta fréttnæmt þar sem félagið hafði tveimur mánuðum áður tilkynnt að fjármögnun væri tryggð út árið 2019. Annað átti eftir að koma í ljós.
Við upphaf skuldabréfaútboðs Wow í ágúst 2018 og þar til það varð gjaldþrota í mars 2019 voru málefni þess rædd á nær hverjum fundi stjórnar Isavia. Í skýrslu Ríkisendurskoðunar segir að stjórn og stjórnendur Isavia hafi lagt áherslu á að vinna með forsvarsmönnum Wow á þessum tíma og reynt að forðast að beita kyrrsetningarheimild í lögum um loftferðir. Í desember 2018 gerðu Isavia og Wow með sér samkomulag um að ein vél á vegum Wow yrði alltaf staðsett, eða með staðfestan komutíma á Keflavíkurflugvelli til að viðhalda tryggingu fyrir skuld félagsins gagnvart Isavia. Þegar Wow fór í greiðslustöðvun, þann örlagaríka dag 28. mars 2019, kyrrsetti Isavia Airbus 321 vélina TF-GPA vegna skulda. Á þessum tímapunkti námu skuldir Wow við Isavia um tveimur milljörðum króna.
Eftir það upphófst mikil lagaflækja, þar sem vélin var í eigu flugvélaleigunnar ALC, sem krafðist þess að fá kyrrsetningunni aflétt. Fór málið fyrir dómstóla sem komust að þeirri niðurstöðu að einvörðungu væri heimilt að kyrrsetja vélina vegna skulda henni tengdri en ekki heildarskuldum Wow. ALC greiddi fjárhæðina en Isavia kærði niðurstöðuna. Áður en málið var tekið fyrir hafði flugvélinni verið flogið úr landi og þar með hvarf eina haldbæra trygging Isavia fyrir heildarskuldum Wow. Einn angi af þessu máli er enn í dómskerfinu því Isavia stefndi íslenska ríkinu, eiganda Wow, og ALC til heimtu skaðabóta vegna fjárhagstjónsins. Er þetta mál óleyst sem og gagnstefna ALC gegn Isavia.
