Eigið fé Þjóðskrár er nánast á þrotum, aðhald skortir og er útgáfa vegabréfa rekin með halla. Þetta er þvert á það sem stefnt var að þegar Þjóðskrá og Fasteignaskrá Íslands voru sameinuð árið 2010. Ríkisendurskoðun segir í skýrslu um Þjóðskrá að sameiningin hafi ekki skilað þeirri skilvirkni og hagræðingu sem stefnt var að og hvetur innanríkisráðuneytið til að efla eftirlit sitt með starfseminni og stofnunina sjálfa til að sýna aðgæslu í rekstri. Þá telur Ríkisendurskoðun að endurskoða þurfi lög sem varða starfsemi Þjóðskrár og fjármögnun stofnunarinnar.
Ríkisendurskoðun segir í nýrri skýrslu um sameininguna að þvert á markmið hafi starfsmönnum Þjóðskrár fjölgað og kostnaður aukist frá sameiningu. Að mati Ríkisendurskoðunar ber ráðuneytið ásamt stjórnendum Þjóðskrár Íslands ríka ábyrgð á þróuninni.
Þá segir í skýrslunni að þótt þótt fagleg markmið sameiningar hafi að miklu leyti náðst hafi Þjóðskrá Íslands ekki náð að sinna lögboðnu hlutverki sínu á eins hagkvæman, skilvirkan og árangursríkan hátt og æskilegt væri. Ástæðan sé sú að upplýsingakerfi séu að hluta til orðin úreld sem og kerfi sem notuð eru við útgáfu vegabréfa. Þá hafi starfsmannavelta verið mikil.
