Ríkisendurskoðun hvetur forsætisráðneytið til að beita sér fyrir lausn á ágreiningi utanríkisráðuneytis og innanríkisráðuneytis um stjórnsýslulegt forræði á verkefnum fyrrum Varnarmálastofnunar. Kemur þetta fram á vef Ríkisendurskoðunar. Í þessu sambandi bendir stofnunin á mikilvægi þess að stjórnsýsluleg, fjárhagsleg og fagleg ábyrgð fari saman og að valdmörk séu skýr.
Í ársbyrjun 2011 var Varnarmálastofnun lögð niður og verkefni hennar flutt til Landhelgisgæslunnar og Ríkislögreglustjóra. Varnarmálastofnun heyrði undir utanríkisráðuneytið en stofnanirnar sem tóku við verkefnum hennar heyra undir innanríkisráðuneytið.
Í nýrri skýrslu Ríkisendurskoðunar kemur fram að ætlunin hafi verið að flytja einnig stjórnsýslulegt forræði á verkefnunum til innanríkisráðuneytisins. Það hefur hins vegar ekki enn verið gert og er ástæðan m.a. sú að ágreiningur er milli ráðuneytanna um framtíðarskipan varnarmála.
Ekki eru heldur í gildi formlegir samningar um verkefnin. Í skýrslunni kemur fram að þessi staða hamli því að sú hagræðing náist sem að var stefnt með niðurlagningu Varnarmálastofnunar. Þannig hafi stofnanir innanríkisráðuneytisins t.d. ekki getað samþætt varnartengd verkefni að fullu öðrum verkefnum sínum. Jafnframt er vandkvæðum bundið fyrir utanríkisráðuneyti að sinna lögbundnu eftirliti með verkefnunum því fjárveitingar vegna þeirra renna beint til fjárlagaliða innanríkisráðuneytisins.
