Eiginfjárhlutfall Byggðastofnunar var 1,34% í árslok 2011 samkvæmt ársreikningi stofnunarinnar. Ákvæði laga um fjármálafyrirtæki segja að eigið fé skuli að lágmarki vera 8% af áhættugrunni og uppfyllti því Byggðastofnun ekki ákvæði laga þar um í lok árs 2007. Alþingi samþykkti að auka eigið fé stofnunarinnar um allt að tvo milljarða á fjárlögum 2012. Í janúar 2012 voru 1.750 milljónir greiddar til stofnunarinnar en einn milljarður var einnig lagður til í árslok 2011. Með þessum framlögum hækkaði því hlutfallið upp í 10,11%.
Stofnunin tapaði 235,7 milljónum króna í fyrra sem er verulegur bati á milli ára. Tapið nam rúmum 2,6 milljörðum króna árið 2010.
Í ársreikningi stofnunarinnar kemur einnig fram að Aðalsteinn Þorsteinsson forstjóri var með rúmlega 11 milljónir í laun á árinu. Það jafngildir 900 þúsund krónum á mánuði.
